Следствие неподписания унифицированных форм КС-2 КС-3

Вопрос: 

Нашими субподрядчиками выполнены работы по договорам подряда в объеме меньшем, чем было предусмотрено договорами, однако с их стороны были направлены в наш адрес акты формы КС-2, 3, счет-фактура на всю стоимость договора, мы, со своей стороны не согласившись, составили акты КС-2, КС-3 на фактически выполненные объемы работ и направили в их адрес, соответственно, на расходы приняли наши формы, вся переписка официальная с подтверждающими документами, сейчас идет выездная налоговая проверка, и поскольку акты КС 2,3 нами не подписаны на их сумму, а ими не подписаны на нашу сумму, налоговая исключает из затрат и доначисляет налог на прибыль. Вопрос состоит в том, каким документом и как его оформить, можно принять на расходы в целях уменьшения налога на прибыль стоимость фактически выполненных работ субподрядной организацией, если та в свою очередь уклоняется от подписания акта КС-2 КС-3? Пример в цифрах: Предприятие 1 заключило договор с Предприятием 2, сумма договора составила 7 млн рублей из расчета 100 000 х 70 га очищенной просеки от леса кратон и перечислило аванс почти 50% в сумме 3450000 рублей, за который Предприятие 2 обязано было очистить 70 га леса, не выполнив обязательств в полном объеме 70 га, так и не сделав, спустя год после окончания срока по договору в декабре 2010 года Предприятие 2 направило в наш адрес КС-2 КС-3 за декабрь 2009 года на якобы фактически выполненные 37 га на сумму 3700000 рублей с актом сверки на доплату 250000 в свою пользу, нами было принято решение, сделав комиссионный обмер выполненной площади. Предприятие 1 составило свои акты формы КС2 КС3 и направило в адрес Предприятия 2 в объеме 34,5 га на сумму 3450000 рублей и направило им заказным письмом. То есть приняло в одностороннем порядке работ на сумму оплаченного аванса, однако налоговая инспекция не принимает данные акты для расходов по налогу на прибыль, ссылаясь на то, что контрагент в свою очередь не признает данную сумму и не подписывает акты. Как поступить в подобной ситуации?