Расчеты по НДС при приобретении недвижимости индивидуальным предпринимателем

Вопрос:

Индивидуальный предприниматель приобрел объект недвижимости. Расплачивался за него в течение 3 лет равными ежемесячными платежами. Уплачиваемый при этом НДС ежеквартально подавался к возмещению. При этом НДС к уплате показывался в налоговой декларации за тот период, в котором были сделаны соответствующие платежи, а НДС к возмещению - за предыдущий налоговый период, то есть при отчетности за второй квартал показывалась сумма к уплате за этот квартал, а сумма к возмещению - за первый квартал.

В результате после окончания выплат за объект недвижимости была подана декларация, в которой НДС к возмещению был указан, а НДС к уплате - нет. Налоговый инспектор при проведении камеральной проверки указал на это несоответствие как на нарушение и требует обоснований.