Соглашение вступает в силу с даты получения Депозитарием, которым является Интеграционный Комитет ЕврАзЭС, последнего письменного уведомления государств-учредителей и Банка о выполнении внутренних процедур, необходимых для его вступления в силу, но не ранее вступления в силу Договора об учреждении Фонда.  Для присоединяющихся государств и международных организаций вступает в силу с даты получения Депозитарием документов о присоединении к Договору об учреждении Фонда и к настоящему Соглашению  - ст. 9 Соглашения.

Соглашение вступило в силу для Российской Федерации  24 января 2011 года.

Настоящий документ продолжает действовать между его участниками в той части, в какой он может быть исполнен в отсутствие упоминаемых в нем органов ЕврАзЭС, ликвидируемых в соответствии с Договором о прекращении деятельности Евразийского экономического сообщества от 10.10.2014. В отношениях между государствами-членами Евразийского экономического союза, являющимися участниками настоящего документа, он применяется в части, не противоречащей Договору о Евразийском экономическом союзе от 29 мая 2014 года.