Согласно статье 83 Водного кодекса Российской Федерации, лицензирование в области использования и охраны поверхностных водных объектов осуществляет лицензирующий орган в области водопользования по согласованию с федеральным органом исполнительной власти в области охраны окружающей природной среды.

Лицензирование в области использования и охраны подземных водных объектов осуществляет лицензирующий орган в области водопользования совместно с федеральным органом исполнительной власти в области управления использованием и охраной недр.

Лицензия на пользование поверхностными водными объектами выдается лицензирующим органом в области водопользования, а лицензия на пользование подземными водными объектами выдается совместно с федеральным органом исполнительной власти в области управления использованием и охраной недр.