Частичный отказ в возврате НДС в связи с превышением сметной стоимости работ

Вопрос:

Сметная стоимость строительства объекта - 10 млн руб. Фактически закрыто актами о приемке выполненных работ на 14 млн руб., т.е. фактическая стоимость превысила сметную. Аналитический учет к счету 08-3 ведется не каждому строящему объекту, а по стройке в целом по видам расходов. Заказчиком были приняты и оплачены работы в сумме 14 млн руб. и предъявлен НДС к возмещению. Является ли правомерным частичный отказ в возврате НДС в связи с превышением сметной стоимости работ?

Ответ:

Рассмотрев вопрос, мы пришли к выводу, что глава 21 НК РФ не содержит прямого запрета на возмещение НДС по суммам превышения сметной стоимости работ. В то же время основанием для подобного отказа могут служить ошибки и недочеты в оформлении счетов-фактур, первичной документации в том числе по суммам превышения (договоры, дополнительные соглашения, акты КС-2, справки КС-3), отсутствие или недочеты при ведении раздельного учета входного НДС.