Вопрос:

Автономное учреждение в соответствии со ст.ст.251 и 346_15 НК РФ налогоплательщики-"упрощенцы", получающие средства целевого финансирования, ведет раздельный учет доходов, полученных в рамках целевого финансирования, и расходов, произведенных за счет указанных средств, а также доходов и расходов от иной приносящей доход деятельности. Количество сотрудников, обеспечивающих исполнение государственного задания составляет 298 человек, средства на их содержание выделяются из регионального бюджета в размере 106 млн. рублей ежегодно, также автономное учреждение ведет коммерческую деятельность, оказывает платные услуги населению, численность по штатному расписанию которых составляет 3 человека, и доход от их деятельности составляет примерно 6 млн. рублей ежегодно. В учреждении утверждено штатное расписание с приложениями N 1, 2 по штатным единицам от средств целевого финансирования, и средств от приносящей доход деятельности. Также налажен раздельный учет выплаты заработной платы, оплаты налогов и сборов. Но налоговый орган в сентябре 2016 года, направил Требование и предложил автономному учреждению перейти на ОСНО с 2014 года, на основании того, что общая штатная численность составляет более 100 человек, а четких разъяснений по данному вопросу не имеется. Таким образом просьба разъяснить, почему налоговые органы в части раздельного учета имущества и выручки автономного учреждения принимают положения ст.ст.251 и 346_15 НК РФ, а в части учета штатной численности сотрудников нет? Ведь при определении налогооблагаемой базы автономных учреждений Налоговый кодекс принимает во внимание средства целевого финансирования и не ограничивает эти средства какими-либо рамками, в том числе и штатной численностью сотрудников, также принимается во внимание что имущество, приобретенное за счет целевых средств и доход за счет средств целевого финансирования, не включаются для целей признания УСН, почему налоговый орган в таком случае принимает общую штатную численность сотрудников.