Действия таможенного органа

Вопрос: 

В 2012 года ООО "Б" заключен договор на выполнение предТЭО с проектной организацией ООО "И" на условиях DDP (на склад заказчика на территории РФ). ООО "И" является резидентом Украины. В процессе проведения Башкортостанской таможней камеральной проверки за период с 23.03.2012 по 17.02.2016 в отношении товара "Проектно-сметная документация", поставленного по договору N+. от 23.03.2012 ООО "И" выявился факт отсутствия таможенной декларации на выполненное ПредТЭО по реконструкции теплоэлектроцентралей строительством типовых модулей. Проектная документация передана Заказчику в печатном виде и на электронном носителе в марте 2013г. Ставка таможенной пошлины равна 0. Сумма НДС была уплачена в 2013 году в бюджет РФ и соответственно возмещена. Таможенный орган по итогам проверки готовит акт о невыполнении таможенного законодательства с требованием надлежащего таможенного оформления купленной документации с уплатой таможенной пошлины в размере суммы НДС с выставлением неустойки пеней за период момента ввоза товара на территорию РФ. Может ли ООО "Б" (резидент РФ - покупатель) или его должностные лица привлечены к административной или уголовной ответственности? Может ли таможенный орган выставить требование об уплате суммы НДС по истечении трех лет, если ранее НДС по данной операции был уплачен и возмещен? Какие действия может предпринять таможенный орган в нашей ситуации и что может противопоставить (возразить) наше Общество на их предписание?