Штраф по контракту в случае нескольких нарушений подрядчиком

Вопрос: 

Заключен муниципальный контракт о выполнении работ по текущему содержанию сети автодорог муниципального образования на 1 год согласно 44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд". Контрактом предусмотрено выполнение Подрядчиком разных видов работ (вывоз снега, механизированная расчистка дорог, ручная расчистка дорог и проч.). Каждый вид работ предусматривает свою стоимость в соответствии со сметами, из которых в совокупности складывается цена контракта. В соответствии с постановлением Правительства N 1063 от 25.11.2013 за ненадлежащее исполнение Подрядчиком обязательств, предусмотренных контрактом, устанавливается штраф в виде % от цены контракта. Штраф получается огромный, так как цена контракта очень большая. Не должны ли мы начислить штраф в виде % от стоимости того вида работ, который был выполнен с ненадлежащим качеством и определен сметой, или все же от цены контракта? Можно ли повторно начислить штраф, если в последующем будет выполняться другой вид работы по этому же контракту с ненадлежащим качеством?