Подача уточненных налоговых деклараций

Вопрос:

ГУП предоставлял в аренду офисные помещения. Арендаторам был произведен перерасчет в связи с изменением ставок Министерства земельных и имущественных отношений Республики Башкортостан и выставлены счет-фактура и акт на большую сумму, чем в договоре. Доп. соглашение об увеличении суммы арендной платы заключено не было. Один из Арендаторов продолжал оплачивать арендные платежи по старым ценам. ГУП обратился в суд с истребованием всей суммы долга. Суд вынес решение в пользу Арендатора, ссылаясь на отсутствие подписанного договора и необоснованное выставление перерасчета.

За весь период ГУП отражал в налоговых декларациях по НДС и налогу на прибыль суммы больше, чем по решению суда (завышенные на суммы перерасчета арендных платежей). В настоящее время ГУП акционирован в ООО. ООО является правопреемником.