Налоговый вычет по НДФЛ при приобретении квартиры с использованием жилищного сертификата

Вопрос: 

 Сотрудник нашей организации обратился к нам с просьбой дать разъяснение по следующему вопросу. В 2002 году им была приобретена квартира. На руках у сотрудника: договор с застройщиком и квитанция к ПКО с указанием внесенной суммы за оплату квартиры. В 2004 году выяснилось, что квартира продана несколько раз, покупатель в права собственности не вступил, т.к. квартира по решению суда, была передана в собственность первого (поочередности) покупателя, а наш сотрудник является третьим покупателем (поочередности).

Суд признал нашего сотрудника потерпевшей стороной, и в 2012 году часть денежных средств была возвращена (из местного бюджета) в виде сертификата на приобретение жилья. В 2012 году сотрудник приобрел жилье, и в 2013 году им была подана декларация 3-НДФЛ на имущественный вычет. ИФНС в вычете отказала, мотивируя это тем, что оплата за жилье была произведена за счет помощи из бюджета (ст.220 НК РФ). Просим вас разъяснить, правомерно ли решение ИФНС, ведь в этом случае сотруднику вернули его же деньги, а не дополнительную помощь. По первичной сделке право на вычет не заявлялось. Существует ли какая-либо судебная практика по данному вопросу?