О реализации сводного сметного расчета

Вопрос: 

Существует объект капитального строительства, финансирование которого ведется из федерального бюджета. Проектирование его велось в две стадии. На стадию "П" получено положительное заключение московской государственной экспертизы, а также положительное заключение подтверждения достоверности сметной стоимости строительства объекта в главгосэкспертизе. По стадии "П" был проведен конкурс и заключен государственный контракт на строительство данного объекта. Однако после разработки рабочей документации на данный объект были выявлены некоторые расхождения со стадией "П" в разнице физических объемов, марки оборудования и применяемых материалов, как в большую сторону, так и в меньшую. Однако при сопоставлении общей стоимости объекта по стадии "Р" и "П" она оказалась неизменной. Как в таком случае осуществлять процентование, если фактически выполненные работы не будут соответствовать сметам из контракта, в то же время, не увеличивая итоговой сметной стоимости объекта?