Составление счетов-фактур по договорам перевозки грузов     

Вопрос:

Организация оказывает услуги организации перевозки грузов. Является ли этот договор договором комиссии (агентирования)?

Фактически наша организация за вознаграждение и за счет другой стороны организовывает выполнение услуг экспедиции, связанных с перевозкой груза. Заказчикам услуг мы выписываем акт выполненных работ с указанием маршрута, ФИО водителя, номера и марки автомобиля, даты загрузки и счет-фактуру на общую сумму грузоперевозки с выделением НДС - 18%.

Согласно письму Министерства финансов РФ от 29.12.2012 N 03-07-15/161 наша организация должна выставить отдельно счет-фактуру на сумму вознаграждения (которая нигде при заключении договора и заявок к нему не прописывается, указывается лишь общая стоимость грузоперевозки) без указания услуг транспортной экспедиции и счет-фактуру по услугам третьих лиц, а также составить отчет агента, т.е. к одной услуге мы должны выписать два счета-фактуры?  Вправе ли мы не следовать указаниям вышеуказанного письма и выписывать документы в обычном порядке?