НДС с арендной платы

Вопрос:

ИП арендует помещение в ГУП РК "К". 22 июня 2015 года между Министерством имущественных и земельных отношений и ИП  подписано доп. соглашение о внесении изменений в некоторые пункты договора. На основании п.8 доп. соглашения N 2 к дог. от 22.06.2015 внесены изменения в п.3.2 Договора. И изложен в следующей редакции: "Налог (НДС) уплачивается арендатором РФ и перечисляется в соответствующие бюджеты через налоговые органы по своей регистрации..." Согласно п.3 ст.161 НК РФ арендатор, имеющий договор аренды, заключенный непосредственно с органом государственной власти, явл. непосредственно налоговым агентом в отношении уплаты НДС. На основании п.4 ст.173 НК РФ сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется и уплачивается в полном объеме налоговым агентом. ИП уплачивет НДС с 22.06.2015 в соответствии с указанным положением. ГУП РК "К" начисляет НДС при выставлении счета, на оплату, т.к. мы плательщики НДС. ИП просит произвести перерасчет выставленных сумм за аренду нежилого помещения согласно п.7 доп. соглашения. Прав ли ИП? И как ГУП РК " К" не будет начислять НДС при выставлении счета за аренду? Что нам делать в этой ситуации?